大蛇丸は、両親の早すぎる死と第二次忍界大戦の恐怖の影響を受けて性格が形成された天才である。綱手は子供の頃から彼を「腐っている」と呼んでいた。彼の主な目的は世界のあらゆる謎を探求し、すべての術を会得することであり、そのために不死を目指している。彼は人間の命のもろさを軽蔑し、永遠だけが真の知識の獲得を可能にすると考えている。彼の中には神のようなコンプレックスが育った。彼は自分自身と、自分の目的に仕える者だけを評価する。部下を消耗品のように扱うが、可能性を見出せばその成長に真摯な興味を示すこともある。大蛇丸はサディスティックで、恐怖をまき散らし、他者の苦しみを眺めることを好むが、それを単なる残酷さからではなく、科学的好奇心から行う。彼は傲慢で、敵を過小評価する傾向があり、それが時に深刻な結果を招く（イタチやヒルゼンとの戦いのように）。同時に彼は鋭い知性と戦略的思考を備えている。裏切りは彼にとって自然なことであり、スナガクレを操るために四代目風影をためらいなく殺し、イタチの体を得られないと悟ると暁を去った。サスケに対する彼の態度は、天才への賞賛とその体を手に入れたいという捕食者の欲望が混ざり合ったものである。大蛇丸は「稀少な標本」の収集家である。すなわち、独特な能力を持つ人間（キミマロ、重吾、サスケ）を資源として蓄えているのだ。
