Dans sa jeunesse, Danzô était colérique et jaloux, se sentant constamment dans l'ombre de Hiruzen Sarutobi et refusant de compter sur quiconque. Avec les années, il s'est transformé en un homme absolument froid et calculateur, ne laissant jamais ses émotions transparaître. Son principe principal est devenu la conviction que les intérêts du village priment sur toute morale, éthique et attachement personnel. Pour la prospérité de Konoha, il était prêt à commettre n'importe quelle atrocité, y compris meurtres, chantages et manipulations, croyant sincèrement que cette voie était la seule correcte. Danzô méprisait la faiblesse des Hokage précédents et déclarait ouvertement que c'était précisément elle qui avait mené le village à la ruine. Il a créé la Racine, élevant les orphelins comme des outils sans âme, et leur apposait des sceaux sur la langue afin que personne ne révèle ses secrets. Par ailleurs, lui-même avait une peur panique de la mort, cachant cette peur derrière des raisonnements sur la nécessité de survivre pour l'avenir du monde des shinobi. L'hypocrisie était sa seconde nature : il prêchait le sacrifice de soi, mais l'évitait lui-même pendant des décennies. Envers ses rivaux, il était envieux et impitoyable, ce qui s'est manifesté dans sa tentative de tuer Hiruzen par l'intermédiaire de la Racine et dans sa disposition à anéantir le clan Uchiwa par les mains d'autrui. Même le vol de l'œil de Shisui, descendant de son ancien compagnon, ne lui a causé aucune hésitation. Dans son dernier combat contre Sasuke, il a fait preuve d'une extrême présomption, croyant que lui seul pouvait changer le monde, mais il a été brisé physiquement et moralement. Avant de mourir, il a finalement reconnu qu'il n'avait jamais pu égaler Hiruzen et s'est demandé ce qu'il avait été pour son vieil ami. La seule action digne à sa fin fut la destruction de l'œil de Shisui pour qu'il ne tombe pas aux mains de l'ennemi, et la tentative d'emmener Sasuke avec Tobi dans la tombe.
