Au cours de cette période, Orochimaru manifeste déjà des traits qui seront plus tard qualifiés de « corrompus ». Tsunade note qu'il était ainsi depuis son enfance. La mort de ses parents a laissé une profonde cicatrice : il trouva un serpent blanc près de leur tombe, et les paroles d'Hiruzen sur la réincarnation et la chance l'ont poussé à étudier les mystères de la vie et à aspirer à maîtriser toutes les techniques. Jiraiya supposait que ce chemin était devenu pour Orochimaru un moyen d'oublier la douleur. Pendant la guerre, il fait preuve d'une cruauté et d'un pragmatisme exceptionnels : lorsqu'ils trouvent, avec Jiraiya et Tsunade, trois orphelins d'Amegakure, il propose de les tuer par miséricorde, tandis que Jiraiya se propose de les former. Il commence à voir les gens comme du matériel consommable ou des objets d'étude, tout en conservant un intérêt pour le développement de ceux qui possèdent des capacités uniques. En lui grandit le sentiment de supériorité personnelle en tant que génie, reconnu même par Hashirama. Cependant, son orgueil n'est pas encore devenu une folie ouverte — il continue de servir Konoha, accomplissant des missions et étant même envisagé comme candidat au poste de Quatrième Hokage (aux côtés de Minato). En lui mûrit déjà la conviction que, pour la connaissance, on peut sacrifier toutes les normes, et il commence des expériences secrètes sur des humains. Ses rapports avec son maître Hiruzen restent extérieurement respectueux, mais il considère déjà les anciennes conventions comme limitantes.
