Durant cette période, Orochimaru reste tout aussi sadique et obsédé par l'immortalité qu'auparavant, mais la perte de la possibilité d'utiliser le jutsu porte un sérieux coup à son estime de soi. Sa principale faiblesse est son orgueil inflexible, qui l'a conduit à ce résultat : il voulait faire souffrir Hiruzen au lieu de le tuer rapidement. Maintenant, il doit compter sur ses subordonnés (Kabuto, Sasuke, Guren dans l'anime), qui exécutent ses ordres pendant qu'il n'est pas lui-même capable de se battre pleinement. Il demeure perfide et cynique : il a tué le Quatrième Kazekage, manipule Sasuke, utilise Kabuto comme espion dans l'Akatsuki, mais il conserve néanmoins un intérêt sincère pour le développement de ses protégés. Sa patience envers Sasuke s'explique non seulement par son désir d'obtenir le Sharingan, mais aussi par son admiration pour un génie qui dépasse le sien à cet âge. Orochimaru demeure un collectionneur de « spécimens rares » et poursuit ses expériences, mais sa limitation physique l'oblige à agir par intermédiaire. Son objectif principal est d'attendre un nouveau corps (Sasuke), et pour cela, il est prêt à tout. Son arrogance, toutefois, ne s'est pas envolée : même avec les mains scellées, il garde la foi en sa supériorité, ce qui conduira finalement à une tentative de capture de Sasuke et à sa défaite.
