Orochimaru est un génie dont le caractère s'est formé sous l'influence de la mort précoce de ses parents et des horreurs de la Deuxième Grande Guerre des ninjas. Tsunade le qualifie de « corrompu » même dans son enfance. Son objectif principal est de découvrir tous les secrets du monde et de maîtriser toutes les techniques, ce pour quoi il aspire à l'immortalité. Il méprise la fragilité de la vie humaine et estime que seule l'éternité permettra d'atteindre la véritable connaissance. Un complexe divin s'est développé en lui : il n'estime que lui-même et ceux qui servent ses objectifs. Il traite ses subordonnés comme du matériel consommable, mais peut néanmoins manifester un intérêt sincère pour leur développement s'il y voit un potentiel. Orochimaru est sadique, aime semer la peur et observer les souffrances des autres, mais il le fait non par simple cruauté, mais par curiosité scientifique. Il est arrogant et a tendance à sous-estimer ses adversaires, ce qui entraîne parfois de graves conséquences (comme dans le combat contre Itachi ou contre Hiruzen). En même temps, il possède un esprit pénétrant et une pensée stratégique. La trahison lui est naturelle : il a tué sans hésitation le Quatrième Kazekage pour manipuler Sunagakure, et a quitté l'Akatsuki lorsqu'il a compris qu'il ne pouvait pas obtenir le corps d'Itachi. Son attitude envers Sasuke est un mélange d'admiration pour le génie et de désir prédateur de s'emparer de son corps. Orochimaru est un collectionneur de « spécimens rares » : des personnes aux capacités uniques (Kimimaro, Jūgo, Sasuke), qu'il accumule comme des ressources.
