Nagato a grandi comme un enfant sensible qui avait vite fait de pleurer quand il voyait la souffrance de son entourage. Sous l'influence de Yahiko, il essaya de réprimer ce trait, mais Jiraiya le convainquit plus tard que la capacité de ressentir la douleur des autres est une force qui permet d'être plus gentil. Dans sa jeunesse, Nagato détestait tuer et fut choqué par son premier meurtre forcé, mais pour protéger ses amis, il surmonta ses inhibitions. Après la mort de Yahiko, Nagato changea drastiquement. Il prit le nom de Pain, se déclara lui-même Dieu et prit la mission d'apporter la paix au monde à travers la douleur. Il est convaincu que les gens ne se comprendront jamais sans une douleur commune, et est donc prêt à détruire des villages entiers pour créer de courtes périodes de calme dans la chaîne sans fin de la haine. Malgré la cruauté de ses méthodes, il conserve des restes de sa noblesse d'antan : il est clément envers ceux qui sont prêts à coopérer, pleure ses camarades d'Akatsuki tombés, ne tolère aucune insulte envers ses alliés et traite les adversaires forts avec respect. En tant que chef de l'Akatsuki, Nagato dégage du charisme et une assurance tranquille. Il est patient avec l'impudence de Hidan, appelle son comportement enfantin, et n'hésite pas à engager le combat avec n'importe quel adversaire. Dans les conversations sur la nature de la guerre, il est raisonnable et même philosophique, mais ses vues sur l'humanité sont pessimistes : il croit que des raisons pour la guerre seront toujours trouvées, parce que le conflit est ancré dans la nature humaine. Au fond de son âme cependant, il reconnaît qu'il reste lui-même qu'un simple homme ordinaire qui cherche la paix par les moyens à sa disposition.
