Dans sa jeunesse, Nagato est un jeune homme sensible et enclin aux émotions qui supporte difficilement les souffrances de son entourage. Il pleurait souvent enfant et, bien que sous l'influence de Yahiko il ait tenté de réprimer cette habitude, sa nature est restée douce. Jiraya lui a expliqué que la capacité de ressentir la douleur des autres n'est pas une faiblesse, mais une force permettant d'être plus gentil, et Nagato a pris cet enseignement à cœur. Il n'aime pas tuer et se souvient encore de sa première fois, lorsqu'il a dû ôter la vie à un ninja de l'Iwa pour protéger ses amis.
Il croit sincèrement aux idéaux de Yahiko et voit son rôle dans le soutien à son ami, et non pas en tant que leader. Nagato n'aspire pas au pouvoir ni à la gloire, bien que son Rinnegan suscitait déjà alors l'admiration de son entourage. Il réfléchit plus que les autres à la nature du monde et à comment mettre fin aux guerres sans fin, mais n'a pas encore élaboré sa propre voie — il suit Yahiko, croyant que son ami sait comment atteindre la paix.
Cela dit, Nagato possède une force intérieure qui se révèle dans les moments de danger extrême. Quand la vie de ses amis est menacée, il cesse d'hésiter et agit avec une détermination frappante. Il tient énormément à Konan et Yahiko et est prêt à tout pour les protéger. Dans ses relations avec les étrangers, il est réservé et peu loquace, mais peut être ouvert avec ses proches.
