Dans son état de résurrection, Nagato conserve une totale lucidité d'esprit et tous ses souvenirs, ce qui rend sa situation particulièrement torturante. Il réalise qu'on l'utilise comme un instrument et n'a pas la possibilité de résister tant que Kabuto contrôle ses actions. Malgré cela, il reste fidèle à lui-même : il est sincèrement heureux de voir que Naruto a enfin acquis le contrôle de Kyûbi, bien qu'il ne soit pas surpris de cela, sachant qu'ils ont tous deux appris auprès de Jiraya. Il ne ressent aucune haine envers ceux qui l'obligent à se battre, et même au cœur du combat, il tente d'aider ses adversaires en leur donnant des conseils pour neutraliser ses propres techniques.
On sent en lui une profonde fatigue de la vie vécue et des regrets pour ses actes passés. Il comprend que sa propre voie était erronée, et maintenant, après la mort, il souhaite expier sa culpabilité ne serait-ce qu'un peu. Ses paroles deviennent prophétiques : il voit en Naruto la continuation de l'œuvre de Jiraya et croit que c'est précisément Naruto qui pourra accomplir ce que ni le maître, ni lui-même n'ont réussi. Au moment où Kabuto étouffe sa personnalité, Nagato perd la capacité de parler et d'agir selon sa propre volonté, se transformant en une arme sans âme. Mais après qu'Itachi l'ait libéré de ce contrôle, il retrouve à nouveau son identité et fait ses adieux à Naruto avec espoir et un sourire.
