Uchiha Shisui poseía habilidades sobresalientes en el ámbito del ninjutsu, lo que le permitió ganarse el apodo de «Shunshin no Shisui» — «Shisui del Movimiento Instantáneo».
Técnica de movimiento instantáneo (Shunshin no Jutsu):
La principal especialización de Shisui, que lo hizo legendario. Gracias a su excepcional maestría en el manejo del chakra y al dominar las cinco naturalezas elementales básicas, podía desplazarse a enormes distancias, dejando tras de sí solo un rastro. La velocidad de su desplazamiento era tan grande que los adversarios no alcanzaban siquiera a notar sus movimientos.
Técnicas elementales:
Como verdadero representante del clan Uchiha, Shisui dominaba a la perfección la Naturaleza de Fuego. Su técnica característica — la Gran Llama Devoradora de Fuego (Katon: Gōka Mekkyaku), creaba un masivo muro de llamas capaz de destruir varios objetivos a la vez. También usaba las técnicas clásicas del clan: la Gran Bola de Fuego y el Dragón de Fuego.
Mangekyō Sharingan y habilidades únicas:
Tras despertar el Mangekyō Sharingan, Shisui obtuvo acceso a una de las técnicas más poderosas del mundo — Kotoamatsukami. Esta es una técnica única de genjutsu que permitía inculcar cualquier pensamiento al objetivo, controlando por completo su mente, mientras la víctima permanecía convencida de actuar por su propia voluntad. Dicha habilidad no requería contacto visual y funcionaba de manera absolutamente imperceptible.
Dominio de las armas
Shisui usaba con maestría kunais y shurikens, empleándolos en combinación con la técnica de movimiento instantáneo para ataques relámpago. También dominaba la espada, lo que se confirma por su participación en las misiones de ANBU.
