Uchiha Shisui poseía habilidades sobresalientes en el área del ninjutsu, lo que le permitió ganarse el apodo de «Shunshin no Shisui» — «Shisui del Traslado Instantáneo».
Técnica de traslado instantáneo (Shunshin no Jutsu)
Especialidad principal de Shisui, que lo convirtió en legendario. Gracias a su excepcional dominio del chakra y al dominio de las cinco transformaciones naturales básicas, podía trasladarse a distancias enormes, dejando tras de sí solo una estela verde. La velocidad de su traslado era tan grande que los oponentes ni siquiera llegaban a notar sus movimientos.
Técnicas elementales
Como verdadero representante del clan Uchiha, Shisui dominaba excelentemente el Elemento Fuego. Su técnica distintiva era el Gran Fuego Aniquilador (Katon: Gōka Mekkyoku), que creaba una enorme pared de fuego capaz de destruir varios objetivos a la vez. También utilizaba las técnicas clásicas del clan: Gran Bola de Fuego y Dragón de Fuego.
Mangekyō Sharingan y habilidades únicas
Al despertar el Mangekyō Sharingan, Shisui obtuvo acceso a una de las técnicas más poderosas del mundo: Kotoamatsukami. Esta técnica única de genjutsu permitía implantar cualquier pensamiento en el objetivo, controlando completamente su mente, mientras la víctima permanecía convencida de que actuaba por su propia voluntad. Esta habilidad no requería contacto visual y funcionaba absolutamente imperceptiblemente.
Dominio de armas
Shisui utilizaba maestramente kunai y shuriken, aplicándolos en combinación con la técnica de traslado instantáneo para ataques relámpago. También dominaba la espada, lo que se confirma por su participación en misiones ANBU.
