Después de obtener el Rinnegan de Nagato, Obito se lo implantó en su cuenca ocular izquierda, reemplazando el Sharingan perdido. Con este ojo adquirió las habilidades del Camino Exterior, incluyendo la invocación de la Estatua del Demonio, la creación de cadenas de chakra para atar objetivos y la posibilidad de usar la técnica de resurrección a costa de su propia vida. También puede aplicar la habilidad del Camino Preta para absorber el chakra ajeno. Utilizando los jinchūriki resucitados por Kabuto (que a su vez son ninjas reencarnados), Obito creó sus propios Seis Caminos del Dolor, insertando en sus cuerpos receptores de chakra y controlándolos a distancia. Cada uno de estos seis cuerpos posee las habilidades de uno de los caminos y puede usar las fuerzas de las bestias con cola encerradas en ellos, incluyendo la capa de chakra. Al mismo tiempo, Obito sigue dominando el Kamui a través del Sharingan Mangekyō derecho, lo que le permite volverse inmaterial y teletransportarse instantáneamente. Sus elementos naturales incluyen Fuego, Agua, Tierra, Viento y Rayo. En este período usa activamente el abanico de guerra de Madara para reflejar ataques y asestar golpes, además de aplicar shurikens gigantes almacenados en la dimensión Kamui.