En este periodo Orochimaru ya muestra los rasgos que más tarde se denominarán «corruptos». Tsunade señala que él era así desde la infancia. La muerte de sus padres dejó una profunda huella: encontró una serpiente blanca en su tumba, y las palabras de Hiruzen sobre renacimiento y suerte lo impulsaron a estudiar los secretos de la vida y su deseo de dominar todas las técnicas. Jiraiya suponía que ese camino fue para Orochimaru una forma de olvidar el dolor. En la guerra mostró una notable crueldad y pragmatismo: cuando él, Jiraiya y Tsunade encontraron a tres huérfanos de Amegakure, él propuso matarlos por compasión, mientras que Jiraiya se ofreció a entrenarlos. Comenzó a ver a las personas como material desechable o sujetos de estudio, pero al mismo tiempo mantuvo su interés en desarrollar a quienes poseen habilidades únicas. En él se fortalece el sentimiento de superioridad como genio, incluso reconocido por Hashirama. Sin embargo, su orgullo aún no se ha convertido en locura abierta: sigue sirviendo a Konoha, cumpliendo misiones y hasta se le considera candidato al puesto de Cuarto Hokage (junto con Minato). En su interior ya se está gestando la convicción de que, por el conocimiento, se pueden sacrificar cualquier norma, y comienza experimentos secretos en humanos. Su relación con su maestro Hiruzen permanece formalmente respetuosa, pero ya considera las viejas tradiciones como limitantes.
