En la infancia, Orochimaru ya causaba la impresión de «corrompido» — según palabras de Tsunade, él era así desde el principio. La muerte de sus padres dejó una herida profunda: se volvió retraído, rara vez compartía sus emociones, pero al mismo tiempo mostraba un interés infantil por las cuestiones de la vida y la muerte. Fue en este período cuando encontró una serpiente blanca en la tumba de sus padres, y las palabras de Hiruzen sobre que la serpiente blanca simboliza el renacimiento y la suerte despertaron en él una ardiente sed de conocer todos los secretos del mundo. Jiraiya más tarde especuló que Orochimaru siguió este camino intentando ahogar el dolor de la pérdida. Ya entonces era un genio: se destacaba entre sus compañeros, aprendía rápidamente las técnicas y demostraba una mente analítica. Sin embargo, en él también se manifestaban crueldad y cinismo, no propios de los niños comunes: podía evaluar fríamente la situación y ofrecer soluciones radicales (por ejemplo, más tarde, durante la guerra, propuso matar a tres huérfanos de Ame para evitar crear problemas innecesarios). En el equipo con Jiraiya y Tsunade se mantuvo distante, pero ellos pronto reconocieron su superioridad en talento. Orochimaru ya entonces creía que por el conocimiento se podían despreciar cualquier norma, aunque a esa temprana edad esto aún no se había traducido en crímenes abiertos.
