Ямато — сдержанный, осторожный и крайне ответственный ниндзя. Он всегда тщательно готовится к миссиям и сохраняет спокойствие даже в критических ситуациях. Как бывший член Анбу, он очень серьёзно относится к приказам и требует, чтобы его называли текущим кодовым именем. У него сухое чувство юмора, и он не гнушается «управлять страхом» — его знаменитое «жуткое лицо с пустыми глазами» наводит ужас на Наруто, который даже начинает использовать вежливую речь. Несмотря на внешнюю суровость, Ямато не лишён доброты и заботы о товарищах, особенно к Наруто, чью силу Девятихвостого он помогает сдерживать. Он обладает высокой работоспособностью, но из-за этого его часто перегружают работой, особенно когда речь идёт о восстановлении деревни с помощью стихии Дерева. Ямато любит архитектуру, и его хобби — чтение книг о строительстве, что он с удовольствием совмещает с созданием деревянных домов для ночлега. Он немногословен, но его слова всегда точны и весомы. В бою он действует рационально, оценивая силы противника и не рискуя понапрасну. После того как он привязался к Команде 7, он искренне переживает за Наруто и его друзей, даже нарушая приказы, чтобы помочь им.
