Die Marionettentechnik ist die Grundlage des Kampfstils der Puppenspieler, erschaffen von Monzaemon Chikamatsu aus Sunagakure und zur Perfektion gebracht von den Shinobi des Dorfes des Sandes. Der Benutzer entlässt aus seinen Fingern Chakrafäden und verbindet sie mit der Marionette, wobei er jede ihrer Bewegungen, Mechanismen und versteckten Waffen steuert. Ein Anfänger nutzt alle zehn Finger für eine Puppe, ein erfahrener Meister kommt mit einem Finger pro Marionette aus und kann gleichzeitig bis zu zehn Kampfeinheiten kontrollieren – eine pro Finger. Bei jeder Anzahl von Fäden spielt der Wille des Puppenspielers eine Schlüsselrolle, und zwischen dem Befehl des Benutzers und der Reaktion der Puppe ist eine kurze zeitliche Verzögerung unvermeidlich.
Chakrafäden sind ein flexibles Werkzeug. Man kann sie nahezu unsichtbar machen, indem man ein Minimum an Chakra verwendet, was es erlaubt, sie unbemerkt an Gegnern zu befestigen und diese in lebende Puppen zu verwandeln. Wenn man die Fäden mit Waffen wie Kunai verbindet, erhält der Puppenspieler die Möglichkeit, Geschosse salvenweise zu werfen und gleichzeitig die Fäden an entfernten Zielen zu befestigen. Auch kann man mit den Fäden aus der Ferne benötigte Gegenstände zu sich heranziehen.
Der Puppenspieler ist äußerst verwundbar, solange er die Marionette steuert, und ineffektiv im direkten Kampf, daher versucht er, sich auf Distanz zu halten, sich zu verstecken oder die Marionette als sich selbst zu tarnen. Einige, wie Sasori, steuern die Puppe von innen und nutzen sie als Rüstung. Der Hauptnachteil der Technik sind die sichtbaren Chakrafäden, die durchtrennt werden können, wodurch die Marionette sofort kampfunfähig wird. Daher sind die Unversehrtheit der Mechanismen und die Geheimhaltung ihres Aufbaus die oberste Priorität des Puppenspielers.
