Die Schattenklon-Technik ist eine klonende Ninjutsu, die von Tobirama Senju erschaffen wurde. Im Gegensatz zu den illusorischen Kopien der grundlegenden Klontechnik sind Schattenklone materiell: Sie kopieren die Kleidung, Ausrüstung und den physischen Zustand des Anwenders zum Zeitpunkt der Erstellung. Das Chakra wird gleichmäßig zwischen dem Original und jedem Klon aufgeteilt – ein Klon erhält die Hälfte des Vorrats, zwei Klone jeweils ein Drittel, und so weiter. Eine solche rapide Erschöpfung der Reserven macht die Technik für Shinobi mit geringem Chakra-Vorrat gefährlich, daher können sie nur Anwender ab dem Jonin-Niveau und höher sicher einsetzen. Naruto Uzumaki ist eine Ausnahme dank des Zugangs zum Chakra des Neunschwänzigen und kann hunderte Klone ohne sichtbare Nachteile erschaffen.
Schattenklone sind visuell und von der Chakrasignatur her selbst für Dōjutsu nicht vom Original zu unterscheiden, obwohl Uchiha Madara in der Lage ist, sie zu erkennen. Sie besitzen eigenes Chakra und können Techniken ausführen, einschließlich der Erschaffung neuer Schattenklone. Bei der Zerstreuung – durch einen Treffer oder auf Wunsch des Anwenders – werden die gesamte gesammelte Erfahrung und der verbleibende Chakra-Rest sofort an das Original weitergegeben. Diese Eigenschaft wird aktiv für die Informationssammlung genutzt: Ein Klon dringt in feindliches Gebiet ein, erledigt die Aufgabe und zerstreut sich, wobei er die erhaltenen Informationen an den Meister weitergibt.
Kakashi Hatake entdeckte, dass Schattenklone das Lernen beschleunigen können: Eine Stunde Training mit einem Klon ergibt zwei Stunden Erfahrung nach dessen Zerstreuung, und hunderte Klone komprimieren Wochen der Übung in Stunden. Jedoch machen der kolossale Chakra-Verbrauch und die Anhäufung von Erschöpfung diese Methode praktisch nur Naruto zugänglich.
Im Kampf dienen die Klone zur Ablenkung, Einkreisung und zahlenmäßigen Überwältigung. Zwischen dem Original und den Klonen bleibt eine feine Verbindung bestehen, die eine Koordination der Aktionen ermöglicht.