Die Technik des Baum-Klonierens ist ein Ninjutsu, bei dem der Anwender mithilfe von Chakra die eigenen Zellen in Pflanzenmasse umwandelt und so einen Klon aus Holz erschafft. Ein solcher Klon kann eine einfache hölzerne Gliederpuppe sein, die zur Vertauschung bei einem Angriff verwendet wird, oder eine vollständig bewegliche Kopie, die Techniken anwenden kann. Klone können in großer Entfernung vom Original agieren und mit ihm in Verbindung bleiben. Dank der Fähigkeit, sich mit Pflanzen und Bäumen zu verschmelzen, eignen sich Baum-Klone hervorragend für die Aufklärung. Berührt der Erschaffer den Klon, kann er dessen Form verändern.
Im Gegensatz zu den meisten Klonierungstechniken verschwindet der Baum-Klon bei erlittenem Schaden nicht und kann bestimmte Beschädigungen aushalten. Madara Uchiha nannte diese Technik eine vollkommene Klonierungstechnik, die nur er dank seines Dōjutsu erkennen konnte. Die Wirksamkeit der Klone hängt jedoch von der Konzentration des Anwenders ab: Ist das Original durch andere Aufgaben abgelenkt, können die Klone nicht mit voller Kraft agieren. Bei Bedarf lassen sich die Baum-Klone zerstreuen wie gewöhnliche auch.
