Skelett-Susanoo ist die Anfangsphase der Susanoo-Technik, der höchsten Fähigkeit des Mangekyō Sharingan. Der Anwender erschafft um sich herum einen gigantischen Avatar aus Chakra, doch in dieser Phase zeigt sich nur seine Skelettstruktur. Am häufigsten materialisieren sich Rippen für den Basisschutz oder ein Arm für die Interaktion mit der Umgebung. Skelett-Susanoo wirkt als Fortsetzung des Willens des Anwenders: Es bewegt sich mit ihm und kann Schläge austeilen oder Angriffe blockieren. Mit der Weiterentwicklung der Technik überzieht sich das Skelett mit Muskulatur, Haut und Panzerung und verwandelt sich in andere Formen. Selbst in Skelettform erfordert Susanoo enorme Chakra-Kosten und ist nur für jene verfügbar, die das Mangekyō Sharingan in beiden Augen erweckt haben.