Das Tomoe-Rinnegan ist eine einzigartige Form des Rinnegan, die im linken Auge von Sasuke Uchiha erweckt wurde, nachdem er die Hälfte der Chakra von Hagoromo Ootsutsuki erhalten hatte. Charakteristisches Merkmal sind je drei Tomoe auf jedem der beiden inneren Kreise des Auges, insgesamt sechs. Im Gegensatz zum gewöhnlichen Rinnegan kann dieses Dōjutsu nicht auf andere Versionen des Dōjutsu umschalten (wie bei Madara), behält jedoch alle Fähigkeiten des linken Mangekyō Sharingan von Sasuke, einschließlich Amaterasu und verschiedener Genjutsu.
Die Möglichkeiten des Tomoe-Rinnegan umfassen das gesamte Spektrum der Sechs-Pfade-Technik: Anziehung und Abstoßung durch den Deva-Pfad, Absorption von Chakra durch den Preta-Pfad, Erschaffung von Chibaku Tensei und so weiter. Das Auge ermöglicht es, unsichtbare Objekte zu sehen, das Licht des Unendlichen Tsukuyomi zu reflektieren und Susanoo in ein Gefäß für das Chakra der Bijū zu verwandeln. Eine einzigartige Fähigkeit ist die Mustererkennung, die es ermöglicht, Gesetzmäßigkeiten in Codes und Texten zu analysieren und maximale Informationen aus einem Minimum an Symbolen zu gewinnen. Das Kronjuwel, das raumzeitliche Dōjutsu Amenotejikara, tauscht augenblicklich zwei Objekte in einem bestimmten Radius aus.
