Der Neunschwänzige Chakra-Modus ist eine einzigartige Transformation des Jinchuriki des Neunschwänzigen. Der Körper wird von einer gelben, flammenartig flackernden Chakrahülle bedeckt. Auf dem Kopf bilden sich zwei Hörner, den Hals umgeben sechs Magatama-Markierungen, und über Bauch und Gliedmaßen verteilen sich kreisförmige Muster und Linien. Das Aussehen verändert sich teilweise: Die Augen nehmen einen orangefarbenen Farbton an, und die physischen Parameter steigen drastisch an – die Kraft reicht aus, um einen Weißen-Zetsu-Klon mit einem einzigen Tritt außer Gefecht zu setzen, und die Geschwindigkeit ermöglicht es, Angriffen des Vierten Raikage auszuweichen. Die Hülle mildert Schäden durch Lava und kochendes Wasser und kann in kritischen Momenten die Wucht der Tenpenchii abfangen, wobei sie zerstört wird, aber das Leben des Trägers bewahrt. Geruch und Chakrasignatur des Benutzers verändern sich vollständig.
Aus der Hülle strecken sich Chakraarme heraus, mit denen Naruto bei der Erstellung des Rasengan und seiner Varianten die Schattenklone ersetzt. In diesem Zustand wird die Wahrnehmung geschärft – der Jinchuriki spürt die negativen Emotionen seiner Umgebung über enorme Entfernungen hinweg, selbst durch Hindernisse hindurch. In seiner Nähe wachsen Holzstrukturen beschleunigt, und Weiße Zetsu verwandeln sich bei bloßer Berührung in Bäume. Anfangs weigerte sich der Neunschwänzige zu kooperieren, weshalb Naruto keine Bijūdama formen konnte (später erlernte er eine Miniaturversion) und riskierte, seine eigene Chakra zu verlieren, die das Biest zu absorbieren versuchte – dies zwang ihn, die Zeit im Modus streng zu überwachen.
