Uchiha Shisui besaß herausragende Fähigkeiten auf dem Gebiet des Ninjutsu, was ihm den Beinamen «Shunshin no Shisui» einbrachte — «Shisui der Momentanen Bewegung».
Die Technik der momentanen Bewegung (Shunshin no Jutsu):
Shisuis Hauptspezialisierung, die ihn legendär machte. Dank seiner außergewöhnlichen Beherrschung des Chakra und da er alle fünf grundlegenden Naturelemente beherrschte, konnte er sich über enorme Entfernungen bewegen und hinterließ dabei nur eine Spur. Seine Bewegungsgeschwindigkeit war so groß, dass die Gegner seine Bewegungen nicht einmal bemerken konnten.
Elementartechniken:
Als wahrer Vertreter des Uchiha-Clans beherrschte Shisui das Feuer-Element hervorragend. Seine Markenzeichen-Technik — die Große Flamme des Feuerfressers (Katon: Gōka Mekkyaku) — erzeugte eine massive Flammenwand, die mehrere Ziele gleichzeitig vernichten konnte. Ebenso verwendete er die klassischen Techniken des Clans: die Große Feuerkugel und den Feuerdrachen.
Mangekyō Sharingan und einzigartige Fähigkeiten:
Nach dem Erwachen des Mangekyō Sharingan erhielt Shisui Zugang zu einer der stärksten Techniken der Welt — Kotoamatsukami. Dies ist eine einzigartige Genjutsu-Technik, die es ermöglichte, dem Ziel beliebige Gedanken einzuflößen und seinen Verstand vollständig zu kontrollieren, wobei das Opfer überzeugt blieb, aus eigenem Willen zu handeln. Diese Fähigkeit erforderte keinen Blickkontakt und wirkte absolut unbemerkt.
Waffenbeherrschung
Shisui verwendete meisterhaft Kunai und Shuriken und setzte sie in Kombination mit der Technik der momentanen Bewegung für blitzschnelle Angriffe ein. Er beherrschte zudem das Schwert, was durch seine Teilnahme an ANBU-Missionen bestätigt wird.