Nachdem er das Rinnegan von Nagato erhalten hatte, pflanzte Obito es sich in seine linke Augenhöhle ein und ersetzte dabei sein verlorenes Sharingan. Mit diesem Auge erlangte er die Fähigkeiten des Äußeren Pfades, einschließlich der Beschwörung der Statue des Dämonengottes, der Erzeugung von Chakraketten zur Fesselung von Zielen und der Möglichkeit, die Wiederbelebungstechnik zum Preis seines eigenen Lebens zu verwenden. Außerdem kann er die Fähigkeit des Preta-Pfades nutzen, um fremdes Chakra zu absorbieren. Indem er die von Kabuto wiederbelebten Jinchuriki (die selbst reinkarnierte Ninja sind) nutzte, erschuf Obito seine eigenen Sechs Pfade von Pain, indem er Chakraempfänger in ihre Körper einsetzte und sie aus der Ferne kontrollierte. Jeder dieser sechs Körper besitzt die Fähigkeiten eines der Pfade und kann die Kräfte der in ihnen versiegelten Schwänzigen Tiere nutzen, einschließlich der Chakrahülle. Dabei behält Obito weiterhin Kamui durch sein rechtes Mangekyo Sharingan, was es ihm ermöglicht, sich immateriell zu machen und sich sofort zu teleportieren. Seine natürlichen Elemente umfassen Feuer, Wasser, Erde, Wind und Blitz. In dieser Periode nutzt er aktiv Madaras Gunbai zur Abwehr von Angriffen und zum Zufügen von Schlägen, sowie gigantische Shuriken, die in der Kamui-Dimension gelagert werden.