Nachdem die Bijū aus ihm extrahiert wurden, liegt Obito am Boden, völlig erschöpft. Sein Körper und sein Geist sind gebrochen, aber genau in diesem Moment kehrt sein wahres Ich zurück – jener Junge, der davon träumte, Hokage zu werden, und an seine Kameraden glaubte. Er nennt sich selbst nicht mehr einen Niemand. Er erkennt, dass er im Unrecht war, und empfindet tiefste Schuldgefühle für all seine Verbrechen. Obito strebt nicht mehr nach dem Mugen Tsukuyomi, er will seine Schuld sühnen. Er entscheidet sich, sein Leben zu opfern, um die von ihm getöteten Menschen mittels Rinne Tensei wiederzubeleben, aber Schwarz Zetsu übernimmt die Kontrolle und zwingt ihn dazu, Madara wiederzubeleben. Auch danach gibt Obito nicht auf: Er stiehlt Madara einen Teil der Bijū-Chakra, um den sterbenden Naruto zu retten. Im finalen Kampf gegen Kaguya handelt Obito ruhig und zielstrebig, nicht mehr von Hass geleitet, sondern nur noch vom Wunsch, diejenigen zu beschützen, die übrig geblieben sind. Vor seinem Tod lächelt er und findet Frieden, indem er sich mit Rin in der Welt der Toten wiedervereinigt. Seine letzte Tat – die Übertragung der Kraft seines Mangekyō an Kakashi – zeigt, dass er schließlich zu seinem ursprünglichen Pfad als Shinobi zurückgekehrt ist.