In dieser Zeit zeigt Orochimaru bereits Eigenschaften, die später als «verdorben» bezeichnet werden würden. Tsunade bemerkt, dass er so war, seit er ein Kind war. Der Tod seiner Eltern hinterließ einen tiefen Eindruck: Er fand eine weiße Schlange an ihrem Grab, und die Worte Hiruzenas über Wiedergeburt und Glück brachten ihn dazu, die Geheimnisse des Lebens zu erforschen und das Verlangen zu entwickeln, alle Techniken zu beherrschen. Jiraiya vermutete, dass dieser Weg für Orochimaru eine Möglichkeit wurde, den Schmerz zu vergessen. Während des Krieges zeigte er herausragende Grausamkeit und Pragmatismus: Als sie mit Jiraiya und Tsunade drei Waisen aus Amegakure fanden, schlug er vor, sie aus Mitleid zu töten, während Jiraiya sich dazu bereit erklärte, sie zu trainieren. Er begann, Menschen als Verbrauchsmaterial oder Objekte für Untersuchungen zu sehen, behielt jedoch gleichzeitig Interesse an der Entwicklung derjenigen, die einzigartige Fähigkeiten besitzen. In ihm wuchs das Gefühl der eigenen Überlegenheit als Genie, das sogar Hashirama anerkannte. Doch sein Stolz war noch nicht zu offenem Wahnsinn geworden – er diente weiterhin Konoha, erfüllte Missionen und wurde sogar als Kandidat für das Amt des Vierten Hokage betrachtet (neben Minato). In ihm reifte bereits die Überzeugung, dass man für Wissen jede Norm opfern könnte, und er begann geheime Experimente an Menschen durchzuführen. Seine Beziehung zu seinem Lehrer Hiruzen blieb äußerlich respektvoll, doch er betrachtete bereits die alten Traditionen als beschränkend.
