In der Kindheit machte Orochimaru bereits den Eindruck „verderbt“ – nach Aussage von Tsunade war er das schon von Anfang an. Der Tod der Eltern hinterließ eine tiefe Wunde: Er wurde zurückhaltend, teilte selten seine Gefühle, doch zeigte gleichzeitig ein kindesuntypisches Interesse an Fragen von Leben und Tod. Genau in dieser Periode fand er am Grab seiner Eltern eine weiße Schlange, und die Worte von Hiruzen, dass die weiße Schlange Wiedergeburt und Glück symbolisiert, weckten in ihm ein brennendes Verlangen, alle Geheimnisse der Welt zu erkunden. Jiraiya vermutete später, dass Orochimaru diesen Weg einschlug, um den Schmerz des Verlustes zu betäuben. Schon damals war er ein Genie: Er stach unter seinen Altersgenossen hervor, beherrschte Techniken schnell und zeigte ein analytisches Denkvermögen. Gleichzeitig traten in ihm Grausamkeit und Zynismus hervor, die bei gewöhnlichen Kindern unüblich waren – er konnte Situationen kaltblütig bewerten und radikale Lösungen vorschlagen (z. B. schlug er später während des Krieges vor, drei Waisen aus Ame zu töten, um zusätzliche Probleme zu vermeiden). In dem Team mit Jiraiya und Tsunade hielt er sich distanziert, doch sie erkannten schnell sein Übergewicht an Talent. Orochimaru dachte damals schon, dass man für Wissen jede Norm vernachlässigen könne, obwohl dies in so jungen Jahren noch nicht zu offenen Straftaten geführt hatte.
